論文開題：半夏TRAP遺傳多樣性研究

目錄/提綱：……
1、改良CTAB法提取半夏DNA純度可以再加強(qiáng)
2、TRAP-PCR擴(kuò)增體系程序的優(yōu)化
3、分子標(biāo)記結(jié)果由于樣本多，條帶數(shù)量龐大，統(tǒng)計(jì)復(fù)雜，需要仔細(xì)細(xì)心統(tǒng)計(jì)
1、研究思路、方法和步驟：1,提取半夏基因組DNA
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大學(xué)本科畢業(yè)論文(設(shè)計(jì))開題報告
學(xué)院：化工學(xué)院　　　　　　　　　　　　　專業(yè)班級：08園藝（觀賞園藝）

課題名稱 半夏TRAP遺傳多樣性研究

1、本課題的的研究目的和意義：
課題目的：
近年來由于市場的需求，半夏的種植每年逐漸增加。但由于盲目的引種，栽培不規(guī)范及栽培環(huán)境的不合格等原因，導(dǎo)致半夏種內(nèi)基因變異及品種退化，藥材產(chǎn)量下降和質(zhì)量不合格，嚴(yán)重影響了經(jīng)濟(jì)效益。因此，需要開展關(guān)于半夏遺傳多樣性研究，探索其遺傳變異規(guī)律，為半夏植物分類和品種鑒定提供依據(jù)，同時也為半夏的引種和新品種選育提供理論基礎(chǔ)和應(yīng)用基礎(chǔ)。

課題意義：
目前我國關(guān)于半夏分子生物方面的研究報道較少，尤其缺乏在DNA水平上的遺傳多樣性研究，限制了半夏資源的開發(fā)利用。此次研究也是彌補(bǔ)和充實(shí)了我國在這方面的研究。


2、 文獻(xiàn)綜述（國內(nèi)外研究情況及其發(fā)展）：
遺傳多樣性是生物多樣性
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CR的分子標(biāo)記，2003年被提出至今，已經(jīng)成為多種植物的研究[10]。

TRAP是在SRAP標(biāo)記技術(shù)基礎(chǔ)上開發(fā)的新型分子標(biāo)記技術(shù)[11]。該技術(shù)借助大規(guī)模測序技術(shù)所產(chǎn)生的表達(dá)序列標(biāo)簽（E*pressed Sequence Tag ,EST）數(shù)據(jù)庫信息和生物信息學(xué)工具，設(shè)計(jì)擴(kuò)增用的引物，從而實(shí)現(xiàn)對序列區(qū)進(jìn)行擴(kuò)增產(chǎn)生多態(tài)性分子標(biāo)記目的。TRAP-PCR有其特殊反應(yīng)程序，開始幾個循環(huán)采用非嚴(yán)謹(jǐn)退火溫度，允許一些錯配，便于引物與把DNA的結(jié)合，后幾次循環(huán)采用嚴(yán)謹(jǐn)退火溫度，保證了擴(kuò)增引物產(chǎn)物的特異性[12]。TRAP可以在分子水平鑒別半夏不同品種。為不同產(chǎn)地半夏鑒定提供新方法，為半夏種質(zhì)資源和遺傳多樣性研究提供一定科學(xué)依據(jù)[13]。
根據(jù)TRAP標(biāo)記產(chǎn)生的條帶，用統(tǒng)計(jì)的方法進(jìn)行分析。進(jìn)行條帶的統(tǒng)計(jì)與賦值形式。遺傳相似性系數(shù)及相異系數(shù)的計(jì)算；多態(tài)性位點(diǎn)百分率的計(jì)算；多態(tài)性信息量的計(jì)算和聚類分析。以此來完成半夏種質(zhì)資源遺傳多樣性的分析。


3、 本課題的主要研究內(nèi)容（提綱）和成果形式：
主要研究內(nèi)容：
1，提取半夏基因組DNA。
2，對提取的半夏基因組DNA進(jìn)行純度檢測。
3，將所有種質(zhì)DNA調(diào)整到相同并適宜濃度。
4，設(shè)計(jì)固定引物，并從其與SRAP的任意引物組合中篩選出擴(kuò)增效果良好的引物進(jìn)行遺傳多樣性檢測。
5，用已篩選的引物用TRAP法進(jìn)行分子標(biāo)記。
6，對標(biāo)記產(chǎn)物進(jìn)行聚丙烯酰胺凝膠電泳多樣性檢測。
7，對電泳條帶進(jìn)行多樣性分析。

成果形式：
1， 半夏的TRAP聚類圖。
2， 半夏TRAP條帶多態(tài)性條帶百分率統(tǒng)計(jì)表。
3， 半夏不同居群遺傳多樣性水平表。
4、 擬解決的關(guān)鍵問題

1、 改良CTAB法提取半夏DNA純度可以再加強(qiáng)。
2、TRAP-PCR擴(kuò)增體系程序的優(yōu)化。
3、分子標(biāo)記結(jié)果由于樣本多，條帶數(shù)量龐大，統(tǒng)計(jì)復(fù)雜，需要仔細(xì)細(xì)心統(tǒng)計(jì)。

1、 研究思路、方法和步驟：
1,提取半夏基因組DNA。
用改良CTAB法，在液氮冷凍研磨前提下提取半夏基因組DNA。并用瓊脂糖凝膠電泳對提取的DNA進(jìn)行檢測，條帶整齊單一的樣本選作為分子標(biāo)記的基因組。
2，TRAP-PCR擴(kuò)增體系建立。
建立并優(yōu)化TRAP-PCR反應(yīng)體系。選取模板，考察Taq聚合酶、dNTPs、Mg2+、引物四種因素的反應(yīng)濃度變化對擴(kuò)增結(jié)果的影響，得到穩(wěn)定、重復(fù)性好的反應(yīng)體系。經(jīng)分析得出最佳反應(yīng)體系，并檢測。檢測結(jié)果能夠擴(kuò)增出較清晰的條帶，且穩(wěn)定性較好，說明該反應(yīng)體系適合半夏TRAP-PCR反應(yīng)。
3，TRAP-PCR引物篩選。
在不同的引物組合中，擴(kuò)增效果存在明顯差異。有一些引物組合無擴(kuò)增條帶，而一些引物條帶較少，而且模糊難以辨認(rèn)，有些引物擴(kuò)增出條帶譜較弱，另一些擴(kuò)增的譜帶很強(qiáng)，但背景很深。需要進(jìn)一步篩選擴(kuò)增條帶清晰的引物組合。
4， 遺傳多樣性分析。
用聚丙烯酰胺跑完條帶后，分別進(jìn)行多態(tài)性分析，遺傳多樣性及_結(jié)構(gòu)分析和聚類分析。這也是下一步需要做的重點(diǎn)工作。

1、 本課題的進(jìn)度安排：
（1）2012年2月：半夏DNA基因組提取，檢測；
（2）2012年3月：用TRAP法對半夏基因組分子標(biāo)記；
（3）2 ……（未完，全文共3528字，當(dāng)前僅顯示1781字，請閱讀下面提示信息。收藏《論文開題：半夏TRAP遺傳多樣性研究》）